호크마 종합 주석 다운로드

updateGeneIdentifiers.pl 스크립트의 가장 리소스 집약적인 측면은 uniprot/trembl 데이터 파일을 다운로드하고 구문 분석하는 데 걸리는 시간입니다. 이 작업을 수행하는 스크립트는 상대적으로 비효율적이며 최대 30Gb의 RAM을 사용합니다. 파일 자체를 다운로드하는 데도 몇 시간이 걸릴 수 있습니다 – 한 번 다운로드하여 업데이트 / 디렉토리에 두면 프로그램이 발견되면 다시 다운로드하지 않습니다. 이렇게 하면 시간을 절약할 수 있습니다… updateUCSCGenomeAnnotations.pl UCSC 게놈 브라우저에 의해 유지 되는 게놈에 대 한 주요 정보를 컴파일 하는 프로세스를 자동화 하는 데 도움이. updateGeneIdentifiers.pl 스크립트와 마찬가지로 패키지를 만들려는 게놈에 대한 주요 정보가 포함된 입력 파일이 필요합니다. 이 파일은 탭으로 구분된 텍스트 파일입니다(업데이트/디렉토리의 예시 파일은 ucsc.txt입니다). 다음은 필요한 열(v4.5에 대해 변경됨): 모든 증거 기반 주석에서 구성된 합의 mRNA 카탈로그에 비해 젠코드와 AceView는 각각 81% 및 84%의 민감도 및 74% 및 73%의 특이성을 갖습니다. 이 긴밀한 계약은 UCSC 알려진 유전자 (민감도 28 %), RefSeq (민감도 21 %)보다 3 ~ 5 배 더 많은 전사체와 함께 인간 전사체의 풍부한 보기를 검증합니다. 또는 Ensembl (감도 19%). 저자 기여: Q.L 및 R.I.G.는 웹 서버를 구상했습니다. Q.L.은 생물 정보학 파이프라인을 설계하고 웹 서버를 구축했습니다.

Q.L.과 R.I.G.는 원고를 썼습니다. 오, 내 사과, 파이프 라인으로, 난 그냥 당신이 annotatePeaks 명령에 처음부터 사용 한 실제 명령을 붙여 넣기위한 것입니다. 새로운 아무것도, 그런데, 다음과 같은 HOMER 절차는 이러한 포괄적 인 도구이기 때문에 까다로울 수 있습니다. 그것은 잘 실행하지만 파일을 볼 때 주석과 유전자 아이디가 없으며 이유를 알 수 없습니다. 경고: 이러한 스크립트 *는 UNIX/Linux 및 Mac OS 기반 시스템에서 모두 작동합니다. 그러나 이러한 시스템 작동 방식과 문제가 발생하면 저희에게 연락하십시오. 그래도 문제가 있는 경우 당신은 누구의 이메일GEO 페이지 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE64758)에 있는 저자에게 연락 고려할 수 있습니다 다음 나는 annotatePeaks를 다시 실행하고 여전히 아무 개의 부호 / 유전자를 가지고 : 난 그냥 정렬 및 인덱싱 밤 파일태그 디렉토리를 만들고 findPeaks를 사용하여 피크를 호출하기 위해 이를 사용하여 시도했습니다, 다음 annotatePeaks를 사용하여 비고를 사용하여 피크 파일을 사용하지만, 같은 문제가없는 피크가 없습니다. 아니, 나는 GRO-seq 샘플을 사용하지 않습니다.

난 단지 분석을 위해 다음 TF ChIP-seq fastq 파일을 다운로드 했습니다., 그냥 이미 수행 된 것을 재현 하려고 (및 입력): 빠른 응답주셔서 감사 합니다. 그냥 명확히하기 위해 : 정렬하고 PCR 중복을 제거 한 후 나는 태그 디렉토리에 대해 피크를 호출할 수 있도록 정렬 된 밤 파일을 사용해야합니다? 이러한 각 스크립트는 인터넷 연결을 통해 파일을 가져오기 위해 wget을 사용하여 다양한 소스에서 정보를 다운로드하려고 시도합니다. 그것의 대부분은 NCBI 유전자 데이터베이스와 UCSC 게놈 브라우저에서 온다, 하지만 다른 소스뿐만 아니라 포함되어 있습니다. 통합되는 유기체, 게놈 등은 각각의 명령에 기본 입력 파일로서 제공되는 초기 매니페스트 테이블에 의해 결정된다. 예제는 업데이트/디렉터리에 있으며 아래에 자세히 설명되어 있습니다. 각각의 경우 업데이트 프로그램은 적절한 데이터를 다운로드하여 구문 분석한 다음 필요한 초기 데이터 구성 또는 조작을 수행한 다음 자동으로 데이터를 자동으로 자동 구성하여 HOMER의 구성 관리와 함께 사용합니다. 그런 다음 HOMER의 나머지 부분과 함께 사용할 준비가됩니다. 또한 정렬 할 때 일부 정렬 통계를 게시, 아마도, Bowtie, 제발. HOMER 구성의 일부가 아닌 게놈, 프로모터 세트 또는 게놈 주석을 사용하려는 경우 대부분의 HOMER 명령은 FASTA 파일, GTF 파일 또는 분석을 활성화하기 위한 기타 합리적인 옵션의 사용을 지원합니다.